La importancia más grande de Villa de Leyva, es ser un lugar único en el mundo para la paleontología. Esta ciencia es la que estudia los restos fósiles dejados por los organismos que componen la historia de la vida sobre nuestro planeta. Y la Villa ostenta el primer lugar en el mundo en registros fósiles del Cretáceo Superior.
Para imaginarnos esta situación debemos transportarnos en el tiempo hace 150 millones de años atrás, cuando un mar tropical y de bajo fondo se mecía en todo el territorio. Playas extensas que llegaban hasta el pie de monte llanero donde merodeaban dinosaurios terrestres. Y en este mar aparentemente tranquilo, se llevaba a cabo la lucha implacable de los grandes reptiles acuáticos y donde toda clase de moluscos gigantes como las amonitas servían de alimento a los depredadores marinos. En cabeza de ellos se encontraban los Kronosaurios, gigantes dotados de mandíbulas enormes como los de los cocodrilos actuales con series de dientes capaces de destrozar todo tipo de peces, amonitas y cualquier otro reptil que cruzara en su camino.
Varios de estos ejemplares al morir quedaron sepultados en los lodos del fondo oceánico siendo descubiertos en la actualidad, transformándose en uno de los atractivos espectaculares de Villa de Leyva y sus alrededores. Y qué decir de los Plesiosaurios con sus enormes cuellos y su diseño aquadinámico con grandes aletas para perseguir a sus presas las cuales disputaba con los otros gigantescos reptiles. Uno de estos ejemplares absolutamente completo, fue encontrado en una de las colinas del territorio actual y adorna la sala principal del Museo Geológico José Royo y Gomez en las instalaciones del antiguo Ingeominas en Bogotá.
También en ese mar Cretásico, compitiendo con todos los anteriores, se encontraban los ictiosaurios, con forma muy parecida a los delfines actuales, quienes hacían sus delicias con la gran cantidad de peces y moluscos. Hoy en día en varios museos presentes en Villa de Leyva se exhiben algunos ejemplares incompletos pero de los cuales se conservan sus cabezas.
De cuando en cuando van apareciendo cada vez más fósiles de gran importancia para la ciencia aflorando en las zonas desérticas, para la sorpresa de científicos de todo el mundo dedicados a armar el rompecabezas de la vida en nuestro planeta. Tres museos se encuentran abiertos al público: el Museo Comunitario del Fósil, el Centro de Investigaciones Paleontológicas CIP, ambos en la vereda de Monquirá, y el de la Universidad Nacional de Colombia en las afueras de Villa de Leyva. De tal manera que es imposible irse de la bella Villa sin visitarlos y sorprenderse con esa cantidad de estos fósiles impresionantes, únicos en el mundo.